Work with files

Подскажите пожалуйста как можно получать снимок текущего состояния файлов и как это реализовано на различных файловых системах?

Не распарсил.

И как программно можно определить какие файлы открыты(получить список дескрипторов)?

man 5 proc, тебе нужны /proc/$PID/fd/*

Работает только на fs, которые поддерживают снапшоты. То есть надо задетектить что у вас за фс и если там btrfs или zfs, то сделать рид онли снапшот и затем читать.

Также работает со связкой lvm + какая-нибудь фс, которую можно безопасно заснапшотить хотя бы рид онли.

Читай доки к вышеуказанному, немножко по разному делается.