Чем зашифровать elf

Ну зашифруешь/запакуешь, а при запуске прога в памяти дешифруется/распакуется. Посылаем проге какой-нибудь сигнал с записью в core и читаем твои текстовые ресурсы. И это только один из вариантов.

храни в шифрованном виде... перед использованием дешифруй :)
алгоритм можно простой, что-нить на базе XOR

>UPX не подходит, т.к. его легко распаковать

Запакуй upx и удали все идентификаторы upx из elf

upxunpack?

>Запакуй upx и удали все идентификаторы upx из elf

А подробнее, как это делается?

>А подробнее, как это делается?

Просто замени в файле все строки UPX на произвольные.