Желательно отвязать все приложения, которые пытаются для увеличения собственной громкости увеличить системную. А конкретно для Audacious 3.4, VLC 2.0.8
Спасибо, с audacious помогло, а вот у vlc таких опций нет. Решение нашлось тут в /etc/pulse/daemon.conf выставить flat-volumes = no и тогда все работает как и ожидалось и в vlc и в audacious без software volume control.