Использовать простейшую систему пакетов:
1) После сборки всего, но преред make install выполняем под root команду find /* > package_preinstall.
2) Выполняем make install.
3) Выполняем под root команду find /* > package_postinstall.
4) Выполняем команду diff package_postinstall package_preinstall > package.
5) Теперь у Вас есть список файлов, установленных make install.
Спасибо огромное. checkinstall сделал свое дело. Странно, что у так давно разрабатываемой программы до сих пор нет make uninstall. Может разработчики думают, что никому не придет в голову сносить их прекрассную программу?