mail in emacs

Это проблема не emacs-a, а используемого тобой MTA.

Тогда задам вопрос по другому - как сообщить emacsу, что MTA это msmtp?

AFAICR, msmtp был создан специально для работы с муттом и он не поддерживает стандартный sendmail интерфейс. Может стоит поставить нормальный MTA типа exim4, или, в крайнем случае, masqmail?

smtpmail.el Date: June 20, 1998

smtpmail.el is an emacs-lisp package that sends outgoing mail to an SMTP server. This is very useful when the local host doesn't run a mail server (or runs a broken one).

All versions of XEmacs ship with smtpmail; GNU Emacs versions later than 19.34 do, as well. If you don't have a copy of smtpmail, you can fetch one from the NT Emacs archive at ftp://ftp.cs.washington.edu/pub/ntemacs/contrib/smtpmail.el