aspell-ru содержит три словаря — ru-ye, ru-yo, и ru-yeyo, которые отличаются разной работой со словами, содержащими букву «Ё». В большинстве линукс-дистрибутивов почему-то по умолчанию пакет aspell-ru подключает ru-ye. Словари лежат (у меня, в Арче) в /usr/lib/aspell, находим и открываем там файлик ru.multi, который содержит ссылки на подключаемые словари. У меня он выглядел так:
# Generated with Aspell Dicts "proc" sсript version 0.60.3
add ru-ye.multi
сменить ru-ye.multi на ru-yeyo.multi, и перезапустить приложение, использующее aspell.