Поищите по форуму, проблему уже неоднократно решали.
Проблема: Xfce рисует фон не в root window, а где-то у себя; conky при отключённой argb-прозрачности и наличии own_window читает фон именно из root window
Решение: при запуске Xfce запускать маленький скрипт, который берёт настройку фона из xfconf и при помощи feh устанавливает фон root window таким же, как фон Xfce.