Каждый раз, как бы не старался, проигрыватель при перезапуске системы (да и вообще при перезапуске) удаляет все сохраненные настройки эквалайзера и оставляет только последнюю которая бла активна(запись ее из списка предустановок так же удалена). Сами предустановки в ~/.config/audacious/eq.presets и прочем сохранены. Ubuntu 12.04, в 11.04 такого не наблюдалось