2.6: много железа поддерживает, больше приспособлено к использованию на десктопе, более "сырое", чем 2.4, хотя обычно на работе это не отражается... рекомендуется к использованию на HomePC. Сам на нём сижу уже давно и в общем не жалуюсь. 2.4: старое-доброе, надёжное, меньше памяти жрёт, меньше железа поддерживает, поменьше настроек производительности. К нему есть куча патчей для безопасности и ещё чёрт знает чего. На серваках его всё-таки чаше используют.
По моему, если человек только начинает, то стоит начать с 2.4,
там будет поменьше траблов, связанных с ядром.
Сам я и дома пока сижу под ним (больше по привычке) но не
жалею, т.к. дрова все нашел на стороне (что не держались ядром), а стабильность - прекрасная.
P.S.
В общем для стабильности и безопастности - лучше 2.4 с kernel.org и довести до ума (не доводить) ручками (патчами).
IMHO