В какой скрипт лучше вписать к примеру export SOCKS5_PASSWD=qwerty? Если пишу в .bashrc, то из иксовых программ (типа xfce4-panel) хрен заставишь иксовую софтину понимать переменные.
Я думаю, система инициализации тут не причем. Честно говоря, Debian не видел, но /etc/profile считывется bash и является всесистемной, т.е. не зависимой от конкретного пользователя.