Я обычно юзаю multi-gnome-terminal или xterm (иногда). Вставкa из буфера как обычно - мышкой или Shift-Ins. Прозрачностью не советую злоупотреблять - отвлекает да и подтормаживать может.
К стати, никогда не видел терминала в котором отсутстовала бы вставка из буфера :) А прозрачность по хорошему на фиг не нужна.