Отключить прозрачность в компизе

ccsm знает

Я там этого не нашел.

сам не ковырял, но настройки прозрачности есть в emerald-theme-manager в настройке темы

Значит виновен не компиз.

Ну без компиза-то прозрачности нет.

Эмеральдом не пользуюсь.

И прозрачны заголовки только неактивных окон.

Без компиза и не будет, потому как для прозрачности нужен композитный менеджер. Можешь запустить xcompmgr и я уверен прозрачность у тебя тоже появится в заголовках.

Какой декоратор используешь?

У тебя KDE 3, рамочки окон отрисовывает aquamarine, вот его и надо смотреть.

При исполльзовании kde-windows-decorator и gtk-windows-decorator прозрачность одинаковая...

Компиз какой?