.Xdefaults

aterm*saveLines:        100000
aterm*loginShell:       true
aterm*font:             -*-terminus-*-*-*-*-*-*-*-*-*-*-koi8-r
aterm*boldFont:         -*-terminus-bold-*-*-*-*-*-*-*-*-*-*-*
aterm*background:       black
aterm*foreground:       white
aterm*scrollBar:        false
aterm*colorUL:          green
aterm*colorBD:          blue

> Такое чуство что этот самый .Xdefaults совсем не читается.

У меня этот файлик называется .Xresources Попробуй, может поможет.

На самом деле, если пользуешься xdm, то ресурсы загружаются в скрипте /etc/X11/xdm/Xsession, а ещё точнее, в скрипте, описанном в ресурсе DisplayManager*session в /etc/X11/xdm/xdm-config. Для остальных DM должно быть что-то подобное. Если используешь startx, то используется что-то вроде /etc/X11/Xsession, точно не помню. Можешь залезть и посмотреть, в каком файле этот скрипт хочет .Xdefaults.