c какими именно окнами - программ или окнами оконного менеджера, тогда какого? если программ, то возми мышкой правый нижний угол нажми левую кнопку и растягивай или уменьшай куда хочешь - обычно так.
Очевидно, что у задавшего вопрос не видно правого нижнего угла окна :-)
У меня такое тоже было (когда в браузере распахивается окно) и я не знаю как с этим бороться. Но... если использовать KDE 2 то во-первых там такого нет - всегда видно верх окна, а во-вторых если нажать ALT, то окно можно таскать ухватившись за его любое место а не только за заголовок