Переключение из игрушки на десктоп...

1. Не всегда. Смотри faq
2. Можно - переходишь в консоль по ctrl+alt+Fn, где n от 2 до 6 (потому как иксы обычно забирают первую консоль), логинишься, смотришь номер процесса игры (ps ax вполне подойдет) и убиваешь его (kill -9 номер процесса или killall название).

а если игра native?

Как вариант - запустить второй Х-сервер, и переключаться в него