Компиз юзай.Он может выставлять желаемые размеры для окон приложений,независимо от того, понимают они --geometry или нет.И в Убунте он стоит по дефолту, так что "без дополнительного п/о".
Теоретически -да,я думаю (хотя таким не задавался и потому не пробовал).Параметры через Gсonf же задаются,ну и можно вероятно gconftool --type (нужный тип) --set (ключ) (значение) Для гноме-панели изменение значений таким способом на ходу работает, во всяком случае.