Quake перехватывает нажатия клавиш из ~/.fluxbox/keys. То-есть например нельзя кнопкой с клавиатуры поменять трек который играет mpd. Кроме того его нельзя свернуть. Ну вместо того чтобы сворачивать его можно запустить на другом X сервере и просто переключаться на рабочий, а что делать с хоткеями?