и очень запросто:
в исходниках читаешь файл README.configure и к
./configure дописываешь то, что тебе нужно, а именно в данном случае
будет ./configure --enable-transparency, когда все скомпиляется запускаешь rxvt
вот так, например, rxvt -ip -fg white
(-ip - включает "просвечивание фона", -fg white - цвет шрифта,
у меня белый).