Каждую из них отдельно откадрировать + сместить от начала. При этом на уровне меток, а не физической работы с файлами.
Свести дорожки, указывая источники для каждого момента времени. С простыми эффектами.
Результат записать в MPEG2 или AVI-формате (по выбору). И чтобы обработка данных из исходных файлов шла в момент кодирования.
Есть такое под Linux или придётся искать виндовое, работающее под Wine?
