для firefox:
http://www.linuxquestions.org/questions/linux-newbie-8/how-to-add-magnet-support-to-firefox-460090/
для konqueror (и вообще kde приложений) создаёшь такой файлик:
$ cat ~/.kde/share/services/magnet.protocol
[Protocol]
exec=/opt/bin/valknut -m %u
protocol=magnet
input=none
output=none
helper=true
listing=
reading=false
writing=false
makedir=false
deleting=false
DocPath=
Icon=
Вместо valknut ставишь своё приложение
В опере по-моему через опции можно сделать.