Выставил правильное время в биосе, теперь вся файловая система "в будущем" modification time in the future. Лечится это как я понял touch -r /*. Только вот как запустить touch -r рекурсивно для корня?
В Gentoo эта проблема вылезает только с некоторыми /etc подкаталогами и файлами. В частности, /etc/init.d/ и /etc/conf.d/ (система должна за кешами следить)