Как mencoder'ом скопировать аудио-дорожку из одного avi-контейнера в другой (сохранив и оригинальную дорожку в другом)?

никак. use ffmpeg luke

mencoder -oac copy -ovc copy -o выходной_фильм.avi -audiofile исходный_звук.mp2 исходное_видео.avi

http://www.mplayerhq.hu/DOCS/HTML-single/ru/MPlayer.html#menc-feat-dvd-mpeg4-...

Главное не забыть -aid.

А вообще это лучше делать с помощью avimerge.