С оконным менеджером metacity (по умолчанию который) по-моему нет. С нормальным, типа OpenBox, можно. В настройках WM указывается нужный рабочий стол, а откуда запускается программа, из автозапуска или руками, не имеет значения.
Вообще не бойтесь менять WM в GNOME - это НЕ ЧАСТЬ GNOME(в отличие от gnome-panel, например). metacity используется в GNOME по причине отсутствия собственного WM.