gnome-панели и workspace'ы

Нет.

только костылем.
смотреть текущий workspace и если активен тот, на котором нужно скрывать - править реестр через gconf-editor в параметрах панели свойство autohide. потом обратно.
работает не очень тормозно. я так когда то менял иконки запуска приложений на панели для разных workspace`ов. потом костыль надоел.