Чтобы избежать ошибок, не стоит им пользоваться вообще. С простыми файлами он еще справляется, с более сложными ни фига. Не переносит нестандартных стилей и переопределенных комманд. Лучше пользоваться tex4ht или вообще компилить в pdf и уже его выкладывать.
Но это ИМХО. Извинете, что не смог помочь по существу.