постоянный опрос сервиса dl.flathub.org

Так он обновления ищет, поди.

Как можно отключить такое поведение сервиса, при этом сохраняя возможность его использования?

Чтобы что?

Согласен, ищет обновления. Предполагается, что обновления искать надо по запросу пользователя, а не когда вздумается сервису.

В качестве интерфейса взаимодействия с flatpak (и не только) в gnome по-умолчанию используется Software (https://apps.gnome.org/ru/Software/), в его интерфейса галочки поснимал на поиск обновлений. В результате ожидаемого поведения не получил.

Предполагается, что такое поведение зашито в сам сервис flatpak. В инструкциях к сервису информацию найти не смог.

Да нет никакого сервиса flatpak, это консольная утилита, она ничего не делает пока ее не дернут. Надо искать, кто дергает.

Какой-нибудь графической обновлятор, которые щас зачем-то пихают в дистрибутивы.

Либо, как вариант, любое приложение установленное через flatpak может так свои обновления искать, чтобы показать уведомление. Гипотетически.

1. меня забанили, без объяснений
2. проблема была в приложении Gnome Software

меня забанили, без объяснений

В профиле написано.

«Причина тому проста: Нарушение правил регистрации.»

Получается Русских и тут не любят)

При регистрации на сайте запрещается:

использовать длинные имена, состоящие из произвольного набора символов, в том числе: случайные последовательности; кодирования uuencode, base64, binhex; хеши; uuid и т. п.;

Получается, надо читать правила.