Как создать иконку в меню Fedora/Gnome

Ты намусорил в /usr/bin. А иконок там отродясь не бывало. Так что, вычищай срань и иди делать уроки.

А норм, что в установочном файле самого clion написано перекинуть папку в bin?

Как правильно сказали выше, по FHS нужно или в /opt/, или в /usr/local/bin/, или в домашнюю директорию такой софт распаковывать: https://refspecs.linuxfoundation.org/FHS_3.0/index.html

Ну а .desktop файл несложно сделать, это просто текст: https://wiki.archlinux.org/title/desktop_entries

Помещаешь или в /usr/share/applications/, или в ~/.local/share/applications/ файл с именем что_нибудь.desktop и содержимым:

[Desktop Entry]
Type=Application
Terminal=false
Name=Имя приложения
Comment=Комментарий
Exec=команда_на_выполнение
Icon=/путь/до/изображения/иконки

И всё. Появится в меню приложений в разделе Прочее (в overview группировки нет).

А норм, что в установочном файле самого clion написано перекинуть папку в bin?

А если на заборе будет написано «убейся», ты убьёшься?

То, что было написано в clion — не норм. А то, что ты сделал так, как там было написано — двойной не норм.

Кстати, сходил из любопытства посмотрел что за Clion. Инструкция по установке:

1. Download the tarball .tar.gz.

2. Unpack the downloaded CLion-*.tar.gz archive. The recommended extract directory is /opt:

    sudo tar xvzf CLion-*.tar.gz -C /opt/

warning:  Do not extract the tarball over an existing installation to avoid conflicts. Always extract to a clean directory.

3. Execute the CLion.sh from bin subdirectory to run CLion:

    sh /opt/clion-*/bin/clion.sh

To create a desktop entry, do one of the following:

*   On the Welcome screen, click Configure | Create Desktop Entry
*   From the main menu, click Tools | Create Desktop Entry

Что-то я не вижу здесь рекомендации о перекидывании чего-либо в /usr/bin. Более того, написано: всегда распаковывайте в пустой каталог. Более того, там даже написано что сделать чтобы иконка появилась.

В CLion-2022.2.4.tar.gz тоже нет рекомендаций писать что-либо в /usr/bin. По-моему, кто-то не умеет читать инструкций, да ещё и врёт.

Установить Clion из flatpak и там все само создастся и даже обновляться будет автоматом.