1) ext2/3 + драйвер для винды. После гугления на этот счёт у меня создалось впечатление, что виндовые драйверы для ext2/3 ещё довольно сырые (один не умеет перекодировать имена файлов, другой перекодировать умеет, но ещё в статусе беты...)
2) ntfs + ntfs-3g в линухе. Здесь мне не нравится, естественно, закрытость нтфса - если что грохнется потом разгребать будет очень геморно. Плюс плохая реализация этой самой нтфс даже в самом офтопике (из-за чего она подвержена большой фрагментации).
3)udf. Привлекает то, что ФС стандартизована, открыта и нормально поддерживается в обоих системах. Вопрос в её стабильности и скорости работы. Кто-нибудь использовал udf на жёстком диске?
С удовольствием выслушал бы мнение других людей насчёт предпочтительного способа решения данной задачи. Особенно по поводу третьего пункта.






