Симлинки в home

хочу полностью перенести все конфиги из home в директорию template

Не вопрос. Смотри чтоб у тебя права на template были.

Потом темп почистить не забудь

Большая часть грамотно написанного софта хранит конфиги в директории $XDG_CONFIG_HOME (по умолчанию ~/.config/), но, поскольку это линукс, директорию можно потенциально переместить куда угодно, поменяв значение этой переменной в системном или персональном профайле.

Возможно, тебя заинтересует целиком XDG Base Directory Specification.

Возможно, тебя также заинтересует концепция dotfiles (так и гуглить, первый результат должен вести на гитхаб, дальше по ссылкам). Многие dotfiles-репозитории опираются на XDG. В том числе там есть понятие bootstrapping и в принципе быстрой развёртки на других машинах, если тебе это вдруг нужно (сужу по слову ‘template’).

Не вопрос. Смотри чтоб у тебя права на template были.

Если selinux включен, то может быть вопросом.