Как убрать кнопки управления окном определенного приложения?

Нигде.

В kde в стандартных настройках.

А в cinnamon?

Хз

мб запускать приложение с переопределенной $XDG_CONFIG_HOME, где будет лежать dconf/user с соответствующей настройкой?

А что там за оконный менеджер в этом cinnamon? Обычно такими функциями снабжают оконные менеджеры, но не у всех сделано. Если не сделано, то нужно third-party приложение, которое умеет изменять параметры. Одно из них devilspie. В этом случае нужно написать правило в ~/.devilspie/undecorate.ds что-то типа:

(if (is (application_name) "chrome")
    (undecorate))

Можно добавить уточняторы всякие по window role и т. д. Попробуй.

А что там за оконный менеджер в этом cinnamon?

muffin.

Обычно такими функциями снабжают оконные менеджеры, но не у всех сделано.

В muffin не сделано, так только kde умеет.

Ага, глянул. Это форк Mutter, про который тоже мало знаю, но раз так, то иксах должен работать devilspie. В Wayland не будет по понятным причинам, потому что там нет EWMH. Mutter точно не умеет в правила для окон.

В muffin не сделано, так только kde умеет.

Так умеет и IceWM (у самого такое), и openbox, и fvwm, unity и др. В Гноме (Metacity, Mutter), ЕМНИП, такого и не было.