Долго отрабатывает Reading package lists

Сферический компьютер в вакууме?

i5 + 8гб ram.

Какие данные еще нужны ?

Это нормально?

Да. В это время читаются файлы в /var/lib/dpkg/info. Их там очень много. Со временем директория становится больше, она фрагментируется. Файлы тоже разбрасываются по диску. Поэтому чтение всех этих файлов занимает много времени.

Раньше вроде до 10 секунд отрабатывало

Да, сначала всё хорошо бывает — файлов немного и они рядом.

В Дебиане с аптом это еще норма, а вот генте с портажем бывает и 10 минут ждешь.

Хотите быстрый и удобный пакетный менеджер - используйте pacman.

Скорей всего здесь диск - слабое звено.