перенос данных из thunderbird в icedove

thunderbird и icedove отличаются _только_ названием, логотипом и строками про копирайты. Поэтому никаких проблем по переносу быть вообще не должно.

другими словами можно заменить папку .icedove на .thunderbird и все заработает?

Если icedove и thunderbird одинаковых версий, то да.
Если разных, то лучше у нового создать пустой профиль и скопировать туда содержимое старого профиля

а не возникнет конфликта из-за разных названий папок?

Да это не особо важно, у меня профиль Firefox переживал без проблем смены версий в обе стороны.

так нужно копировать содержимое .thunderbird или саму папку .thunderbird?

Запусти thunderbird, чтобы создался его каталог и перенеси ~/.icedove/somestring.default в ~/.thunderbird и всё.

https://support.mozilla.org/en-US/kb/profiles-where-thunderbird-stores-user-data