Там написано же — сжать существующий файл нельзя. Но можно создать директорию с флагом сжатия. И тогда все создаваемые там файлы будут сжатыми. Если потом перенести файл в другую директорию, он останется сжатым. Чтобы это работало, надо в опции монтирования добавить флаг. По умолчанию сжатие не осуществляется.
つまり、монтируешь с опцией compression, создаёшь директорию, ставишь на неё флаг setfattr -h -v 0x00080000 -n system.ntfs_attrib directory-name и начинаешь копировать в неё файлы, а потом переносить их обратно на их место. Эдакая директория-компрессор.