Как заставить утилиту cp скопировать файлы на диск, расшаренный через samba?

man mount.cifs

Если надо без монтирования, то smbclient как аналог ftp-client

А в чем вообще проблема? Напомню, в Linux прикладное ПО абстрагировано от деталей реализации. Примонтируйте smb-шару и для cp не будет отличий от локального каталога.

Требует пароль, потом пишет:

mount error(13): Permission denied

хотя пароль введён правильно, из файлового менеджера (Caja) с тем же паролем нормально заходит

Разбирайся с учетными данными, домен посмотри. Почитай маны, sec=ntlm попробуй, короче не знаю что еще... Логи самбы глянь.