В случае с разделом его можно разместить в начале диска, что даёт теоретически бОльшую скорость доступа. Также гарантированное на 100% отсутствие фрагментации, выживаемость если побьётся ФС. Ну и просто чем меньше прослоек, тем выше скорость.
Ну вот сам подумай. Что быстрее? Пойти в магазин за продуктами самому или вызвать специального человека, дождаться пока он приедет, сказать ему список покупок, он пойдёт в магазин (тот же самый) и принесёт заказ. Да, ходите вы с одинаковой скоростью.
По скорости разницы нет. Прослойки в виде ФС в случае с файлом НЕТ, т.к. ядро узнаёт какие блоки в фс занимает swap-файл и работает с блоками напрямую [1]. Именно по этому на некоторых фс с чексуммами использовать swap-файлы нельзя (btrfs, zfs, не на zvol).
Единственная проблема: swap-файл может быть сильно фрагментирован если при его создании на фс было мало места. Можно посмотреть фрагментацию после создания файла.
Ну и про размещение в начале диска уже сказали выше.