Бэкап файла с помощью email

Более интересные чем с почтой? Даже не знаю. Можно заливать куда-либо на замонтированную sshfs например. Но это все не спасет при получении root доступа.

если пека знает какую-то секретную информацию, значит, злоумышленник ее тоже знает, неважно, в каком хитром виде она хранится. оставьте все как есть

От кого защититься нужно?
От злоумышленника, имеющего физический доступ к ПК?

Файл бинарный или текстовый? Если текстовый - может поднять приватный git/svn/smth else репозиторий и коммитить туда раз в день? Тот же git умеет авторизацию по ключу.

Используйте gpg и выкладывайте хоть на сайте АНБ.

Выкладывайте на такой сервер, который не требует авторизацию smtp.

данные от ящика лежат в открытом виде

Какие данные? Чтобы отправить письмо, возможно, нужно авторизоваться на локальном (ближайшем) SMTP сервере, но ящик с письмами — это другой сервер и там авторизация не нужна для приема.