Нужно загрузить директорию по ftp с помощью wget/curl и передать ее в пайп архиватору без предварительной загрузки на диск. Что то типа:
wget -c -r -qO- ftp://host/path/directory|gzip -9 > directory.gz
Но естественно это не прокатывает, так как жмется просто поток и все файлы в каше. Как передать поток tar`у?