Сохранение распечатанных документов

Создать pdf принтер в CUPS и отправлять задание сразу на 2 - pdf и обычный.

так?

У меня в старом cups, есть опция в cupsd.conf - RIPCache

# RIPCache: the amount of memory that each RIP should use to cache
# bitmaps.  The value can be any real number followed by «k» for
# kilobytes, «m» for megabytes, «g» for gigabytes, or «t» for tiles
# (1 tile = 256x256 pixels.)  Defaults to «8m» (8 megabytes).
#

RIPCache 500m

и она работает так как вам надо.. храниться именно файл с содержимым

Повесить inotify-монитор на каталог с печатаемыми файлами, который бы делал link на каждый созданный файл?