На сервере-роутере крутится всё(веб, фтп, самба, мыло, прокся...) в нем 3 сетевухи - 2 в локалки (192.168.0 и 192.168.1) 3-я смотрит в маршрутизатор напишите правила, позволяющие не считать весь локальный трафик, за исключением мыльника и сквида для линуха, и скрипт, который будет всё это снимать(тока считаемый трафик) и ложить это либо в текстовый файл, либо в БД типа Postgres или MySQL