Считать трафик при помощи iptables (расширение owner
--pid-owner processid Matches if the packet was created by a process with the given process id. )
Снимать регулярно показания счетчика и обнулять его.
Ах да. Выше описанный случай для варианта, когда неизвестно какой процесс что/откуда качает.
Если известно, кто что качает (ip адрес сервера), то можно и iptraf использовать