Запуск программы под screen

Дописать её запуск в ~/.screenrc?

Так просто? )))

пример из rtorrentd:

 grep screen /etc/init.d/rtorrentd
			--exec /usr/bin/screen -- -d -m -S rtorrentd nice -n 19 ionice -c2 -n7 /usr/bin/rtorrent

Ага.
Просто screen -t <title> <some-program>.

Подробнее man screen: http://paste.org.ru/?08dp10

А чего так сложно? не понимаю зачем — -d -m -S rtorrentd nice -n 19 ionice -c2 -n7

А что вас больше смущает: «при старте системы» или «под screen»?
Если первое, то забейте её запуск, скажем, в /etc/rc.local.
Если второе, то

-d -m Start screen in «detached» mode. This creates a new session but doesn't attach to it. This is useful for system startup scripts.