Я бы написал wrapper скрипт и запускал нужные мне скрипты через него.

http://fcron.free.fr/doc/en/fcrontab.5.html#FCRONTAB.5.RANDOM

Fcron рулит.

http://fcron.free.fr/doc/en/fcrontab.5.html#FCRONTAB.5.RANDOM

Опередил.

Вообще, fcron рулит и педалит. Непонятно почему он до сих пор так мало распространён, почему повсеместно используется vixie-cron?

>> Непонятно почему он до сих пор так мало распространён

http://untroubled.org/bcron/bcron.html#SEC4 например.

Можно запускать через с крипт, в начале скрипта -

sleep $(($RANDOM % 3600 ))

>Непонятно почему он до сих пор так мало распространён

Потому что несовместим с vixie-cron.