Это можно сделать, например, с помощью команды ftp:
ftp <Имя_сервера> <<EOF
put <Имя_файла>
bye
EOF
Нужно только обеспечить автоматический логин, для этого надо в файл ~/.netrc, в домашнем каталоге того пользователя, от имени которого будет запускаться скрипт добавить