Загруженость Linux

Потому что смотреть в top надо, прежде чем вопрос задавать. А когда задаешь, указывать дистрибутив.

В rpm-based периодически перестраивается база rpm, в дистрибах с prelink - его база, + база slocate (у кого есть) и т.п.

Выходить не надо, а то отменишь все и будешь потом орать "у меня ... не работает, что за дерьмо..."

Дистрибутив Alt Linux Master

смотри где-то в /etc/cron.daily например

и выключи anacron, если напрягает.

они очень любят updatedb запускать каждые 4 часа, что сильно тормозит систему.