Модуль PDO задерживает первую загрузку страницы до 2х секунд

Заинька вы наше, если модуль «нужен для XXX», то это значит что вызываются функции из этого модуля, и «отключение» его приведет к тому, что тот код который его использует, просто не будет выполняться. А это значит, что тормозят конкретно взятые функции. Какие, спрашивается? Подозреваю, что функции соединения с базой данных, которые обычно тормозят из-за кривого DNS... Ну или еще из-за чего-то. Проверяйте.

Согласен.
Можно по конкретный про dns и как с ним связана бд? В конфигах везде localhost..

Попробуйте написать на PHP скриптик, который используя PDO будет подключаться к той же баз, выполнять запрос и фетчить данные, и между строками вставить вывод таймстампов, при этом станет ясно где именно оно тормозит.

DNS обычно тормозит если localhost ссылается на 127.0.0.1 и ::1, и со вторым часто бывают грабли. А еще проблемы бывают на обратном ресолве (ip->name)

Спасибо всем, так и есть, в наличии только 127.0.0.1 и ::1 и в my.cfg нет skip-name-resolve