Подскажите, пожалуйста, как лучше всего использовать стартовые скрипты?

Вообще-то, для этого не нужно «использовать стартовые сценарии». В redhat настройки iptables лежат например в /etc/sysconfig/iptables и сохраняются командой service iptables save

Настройки маршрутизации лежат в файлах внутри /etc/sysconfig/network-scripts.

За подробностями в /usr/share/doc/initscripts-*/sysconfig.txt

У Вас что, нет ни одной темы созданной?

Я сама умею решать свои проблемы :-)

Вы очень уверенный в себе и сильный человек.

Про rh уже сказали, в дебиане все конфигурируется через /etc/network/*. Действия, специфичные для конкретных интерфейсов, привязываются в interfaces, общие для всех интерфейсов операции раскидываются по подкаталогам.

под Debian логичнее всего раскладывать различные скрипты, завязанные на сеть, в диры /etc/network/if-{pre-up.d,up.d,down.d,post-down.d}
установку правил фаерволла, думаю, стоит класть в /etc/network/if-pre-up.d, а сброс - в /etc/network/if-post-down.d