Ну, самый очевидный пример — когда оттуда стартуют программы, висящие в фоне, или иные, не предполагающие более одного запуска за сеанс. В этом случае могут возникнуть разные неудобства. Ещё вариант: переменные окружения, которые могут менять значение во время сеанса работы — их сброс тоже может создать проблемы/неудобства.