Что нужно:
1. win-клиенты, соответственно, перекодировка имён файлов utf8<->cp1251
2. AD-логоны
3. гибкое назначение прав на директории на уровне ftp, а не файловой системы
По 1 и 2 подходит vsftpd, но http://www.linux.org.ru/forum/admin/5265866