Угу, особенно если в Makefile нет такой target... :)
Чтобы не иметь проблем (почти), ставим checkinstall (брать на фрешмите, ПРОЧИТАТЬ!!! документацию, как его ставить и настроить). После чего вместо make install говорим checkinstall и имеем пакет, установленный штатными средствами системы.