Где крутить mysql

По-моему ему при компиляции нужно указывать какие charset использовать: --with-charset=koi8_ru --with-extra-charsets=all

Не при компиляции, а просто при запуске.

> Не при компиляции, а просто при запуске.
Можно и так, но это только в том случае, если их поддержка была указана при компиляции:
/etc/my.cnf
----
[mysqld]
...
set-variable = character_set=что-то
...